De Scientology Kerk heeft een structuur die is opgebouwd uit meerdere religieuze activiteiten die, naast het leveren van de religieuze diensten en gebruiken van Scientology, ook activiteiten beslaan zoals het besturen van de Kerk, het voorzien in goede communicatie, het produceren van promotiematerialen en nog vele andere functies. Aldus is de religieuze gemeenschap van Scientology verenigd in zowel haar overtuigingen en gebruiken alsook in organisatorische vorm die zeer toepasselijk is voor haar religieuze missie.
Op de lagere niveaus van deze structuur bevinden zich de individuele pastoraal werkers, religieuze Scientology groepen en missies die zich bezighouden met de basisprincipes van auditing en training. Op de bovenste niveaus bevinden zich de hogere organisaties van de kerk die meer geavanceerde auditing- en trainingsdiensten leveren.
Alle kerken vallen onder het netwerk van het internationaal kerkelijk management. Dit begint bij Church of Scientology International (de internationale moederkerk van de Scientology-religie), en strekt zich uit via de continentale kantoren naar de individuele kerken. Deze opbouw zorgt voor ondersteuning en coördinatie om zeker te stellen dat de spirituele filosofie en technologie van Dianetics en Scientology beschikbaar is voor iedereen die ze wenst te ontvangen en dat Scientology-diensten correct worden toegepast, zoals ze door L. Ron Hubbard uiteen werden gezet.
Omdat de geschriften van Scientology vereisen dat haar religieuze gebruiken op onveranderde en correcte wijze worden toegepast, ziet het internationale bestuur van de kerk erop toe dat de individuele kerken worden geholpen om dit te verwezenlijken. Daarom zijn scientologen wereldwijd verzekerd van een correcte toepassing van hun religie.
Elke individuele Scientology kerk is een afzonderlijke rechtspersoon en wordt geleid door haar eigen raad van bestuur. De leidinggevenden vormen tevens het management van de kerk en zijn volledig verantwoordelijk voor het leveren van diensten aan de kerkleden en hun omgeving.
